朱载坖之前对于卫所一向是采取姑息的态度，因为朱载坖很清楚，卫所的干系太大，积弊太深，短时间内事很难见效的，同时一旦处理的不佳，就会造成大事，所以朱载坖认为必须等到朝廷有足够的实力，同时内外环境相对比较安定的时候才对卫所进行整顿。
朱载坖也很清楚，卫所到了现在，已经是百足之虫死而不僵罢了，但是大量的军官、士卒、军屯都依赖卫所制度，朱载坖只能徐徐图之。
这次朱载坖就准备以京操班军为抓手，对卫所进行一番整顿。
朱载坖首先命令马芳等人核实各都司向京师派遣京操班军的数量，根据成祖的规定，京操班军的总员额为十六万人，其中驻凤阳的中都留守司名，河南都司名，山东都司名，驻保定的大宁都司名，这个员额，在当时确实是合理的，但是对于现在来说，显然已经不合理了。
大宁都司已经被朱载坖调回大宁，承担这遮蔽蓟辽的边防任务，再从大宁都司抽调京操班军已经不太合适了，所以朱载坖认为，将大宁都司的班操京军予以免除，同时班操京军的主要对象是内地没有战事的各都司，目的是为了将他们集中到京营训练，使得地方上有一支可用之兵，能够临机应变，才是班操京军的用意。
所以朱载坖和诸位参赞军务大臣们商量了之后，决定以河南、山东、湖广、直隶等地都司卫所于京师班操，南直、浙江、福建、广东、江西等地的都司卫所于南京京营班操，从各都司卫所中选拔精壮之士，分春秋两班，轮班赴京师、南京操练，不赴京师南京班操的时候，剩余的一半班操京军也不解散回归各卫，而是作为本都司的机兵，分屯于本都司的要害之处，以备不测。
说白了，按照朱载坖的意图，就是将班操京军变为从卫所中选练出来的一支脱产武装力量，除了军事训练之外，不负责任何生产，朱载坖和兵部、练兵军务处商量了之后，认为南北直隶一共抽调八万人，其余每都司，抽调班操京军二万人，分为两班，一班屯驻当地，一班赴两京操练。
同时西南的三个都司，四川、云南、贵州，由于路途遥远，暂免京操，但是这三个都司同样也组建每个都司两万人的备操军，一半分屯本都司，另一半调往缅甸备操，加强朝廷对于缅甸的控制。
同时，对于备操军的管理，朱载坖也做了明确的规定，虽然这些卫所士卒们是从各卫所选拔出来的，但是朱载坖规定，一旦选入备操军，其户籍等事项就从地方的都司卫所转为归镇守总兵官管理了，与地方都司卫所无涉，其粮饷由朝廷直接保障。
同时将原本各地设立的团练等民间武装，一律解散，不允许有地方武装的出现。