朱载坖以回京，各处的事情就找上来了，首先是礼部尚书赵贞吉再次上疏，请求为皇太子择定太子妃，举行婚礼，赵贞吉认为此事已经是拖不得的，要求朱载坖立即为皇太子举行婚礼，朱载坖御批，此事等杜太后和皇后决定后，朕再昭告天下。
除此之外，就是有关朱载坖让五军都督府负责清理登记天下卫所户籍的事情了，文官们都认为此事应该是兵部负责，官员们举出大明会典，认为这应该是兵部职方司的职责，按照大明会典的规定，兵部职方司负责掌舆图、军制、城隍、镇戍、简练、征讨之事；三年一报地图，以听征调之令；阅视修浚城池，因事增置镇戍将校，设兵屯戍；巡视操练，请命将出师，悬赏罚、调兵食、纪功过，及关津、缉捕、整顿军伍诸事。
但是朱载坖并不这样认为，朱载坖拿出实录，证明兵部职方司的掌握军籍的职能并非一开始就有的，至少在成化以前，对于军籍的管辖权，依旧是在五军都督府手中的，一个很简单的例子就是，正统时兵部尚书邝埜，向掌五府事务的恭顺侯吴克忠“取五军军数”，吴克忠回复说需要“闻于上”才可，而邝埜知道自己越权而连忙“走谢”。
说明在这个时候，军籍的掌握都不是兵部的职权，后来兵部才侵夺了五军都督府的职权，但是文官们就不干了，到嘴的的肉怎么可能他飞了，他们坚决不同意由五军都督府来负责军籍的清理工作。
以科道为首还有兵部的官员们纷纷上疏，认为按照大明会典和诸司执掌，五军都督府的职能仅仅是“其职分领都司卫所，掌一应从驾仪卫，诸武职替袭优给等项。所属悉上之府，府为转送兵部请选。其他，若武臣诰敕、水陆操练、俸粮屯种、军情声息、清勾替补、薪炭诸事，各分移所司而综理之。”
此事理应由兵部来管理，同时他们还指责执掌府事的勋臣和都督们，多不用心整理军政，亦不用心打点文书，一应行移纵容首领官吏通同作弊，认为他们携带政务，只有他们文官才是大明忠良，这些勋臣们役占官军、贪污索贿，但对于军事却大多一穷不通。
言官们指责勋臣不通武艺，违背大明的祖训，言官们集中火力，对着勋臣们一同狂喷，说这帮勋臣们是持弓不能发矢，甚则有堕弓于地者，继询韬略，俱不能答，不仅如此，还出则明坐大轿，入则拥列歌舞，心志骄惰，气体柔脆，不能承担军务。
老实说，言官们的说还确实是实情，这些勋臣们现在是日渐堕落，鲜有振作的，但是朱载坖现在是扩充五军都督府的权力，形成对于兵部的制约，对于这种话自然是置之不理，不仅如此，勋臣们开始上疏反驳了。
以英国公张溶、定国公徐文壁、临淮侯李庭竹、顺宁侯俞大猷、灵璧侯汤世隆等人也纷纷上疏，认为兵部侵夺五府权力，原本按照定制，以五军都督府分领天下卫所，结果现在兵部架空五府，独揽军权，显然不妥。