在朱载坖的上谕之下，不管是海瑞、杨继盛等督抚大员，还是地方州县官吏，还是督册道叶春及等人，都迅速进入状态，开始对于苏松两府的黄册进行修订，同时按照计里画方的测绘方式，对苏松两府的舆图重新进行测绘。
朱载坖对于这次的舆图测绘，要求就是务必要真实、准备，不仅要对山川地理加以精确的测绘，还要对兵要地志、道路交通、水陆驿站加以精确的测绘，作为日后绘制军用交通图等地图的来源。
除此之外就是对于此事的经费保障了，朱载坖很清楚，没有银子是万万不能的，除了抽调国子监算学的生员和考选小吏之外，朱载坖和海瑞商量之后，从南直隶的留存钱粮中拨出三万两，朱载坖从内承运库拨出五万两，用作这次修订黄册的经费，除了纸张等物资的采买之外，就是给参加黄册修订的所有官员加工资。
黄册修订、舆图的测绘都属于野外作业，所以朱载坖特旨凡是野外作业的官吏，每月加一两银两的补助，同时本色米也增加五斗，作为朝廷对他们工作的嘉奖，地方州县要保障他们衣食，朱载坖有严旨，不准朝廷官吏向百姓索要财物，违者立马送哈密或者缅甸悟道去。
朱载坖虽然想在南京看着此事的推行，但是时间已经来不及了，不管是张居正还是在京师的高拱，都在催促朱载坖赶紧回京，因为一旦到了冬天，运河封冻，太后舟车劳顿，有所不便，所以高拱接连给朱载坖上疏，请求朱载坖回銮。朱载坖考虑到时间问题，还是决定回銮，在东南也待了快半年了，朱载坖也该回京了。
在召见海瑞等人，要求苏松等地有结果了之后立即通过驿站向朱载坖汇报之后，隆庆九年九月二十三日，朱载坖和杜太后的车驾启程，返回京师，对于南京的官员们来说，朱载坖的离开使得他们终于可以继续之前的摸鱼生活了。
回程就比来的时候要慢多了，在历经一个半月的行程之后，朱载坖的銮驾终于回到京师，入宫之后，皇太子朱翊釴赶紧向杜太后和朱载坖问安，朱载坖笑着问道：“监国感觉如何？”
朱翊釴说道：“父皇，这奏疏批答，多是无用之言。”
朱载坖笑笑说道：“这就对了，我们大明朝的官员，就喜欢无事生非，他们要是哪一天不无事生非的话，朕还有些不习惯了。”