对于朝廷官制，朱载坖主要是分为地方和中央两部分，对于地方的官职调整又分为官员和吏员，对于吏员的调整主要是针对吏员数量的调整，朱载坖和户部、吏部等商量之后，认为应该按照辖区的人口数量的多寡和经济的发展情况配置吏员。吏员改革的目的主要是为了加强朝廷对于吏员的管理和对于地方州县的管理，从而减少之前的胥吏苛待百姓，架空官员的事情。
而对于地方官员的改革则是对于权力的分割，现在地方正印的权力过大，使得他们疲于应付，大量的案件都要地方正印来审理，朱载坖认为其实完全没有必要，朱载坖认为将司法权从地方州县衙门正印的手中剥离开来，避免这些州县正印权力过于集中。
所以朱载坖朱载坖在和内阁辅臣、六部尚书、都御史等重臣商讨之后，认为从县到州府，都应该设置推官，用以管理地方的州县的司法案件，同时在州府，由通判负责管理这些推官们，专门负责管理地方州县的治安和司法，巡检司抓获的各类人犯，也要送推官处审断。
同时在省一级，一样设立复议审核机关，令大理寺在各布政使司设立分司，百姓将案件上告到按察使司之后，如果百姓对按察使司的结果不满的话，可以直接到大理寺分司要求复审，而和朝廷派往地方的巡按御史一样，大理分司属于钦差性质，分司长官由大理少卿兼任。
为此，朱载坖还和礼部、国子监商议，在科举中恢复明法科，在国子监亦设立明法科，明法科出身的进士给同进士出身，分配到各州县担任推官，升迁也主要在法司系统中完成。
朱载坖下达诏令，自隆庆十一年正月初一日起，各地府州县正印不再受理地方案件，改由推官负责，形成县尉负责治安、侦查，管理巡检司，县推官负责初审，府州由同知管理各县县尉及巡检司，通判管理推官，负责二审，而到了省一级，则是形成了由大理寺分司和按察使司分管复核和通省治安的局面。
当然，如果对于大理寺分司的结果还不满意，百姓就可以进行京控，也就是俗称的告御状，朱载坖取消了之前对于京控的种种限制措施，同时将顺天府受理京控的权限予以取消，朱载坖只规定，必要要经过大理寺分司审断或向巡按御史举报之后仍旧不服的，才能够进行京控，但是一旦百姓进行京控，各地方官不允许截拿，一经发现，正印立即罢官削籍，永不叙用。
同时，规定京控的接受衙门仅为刑部、大理寺和都察院，到其他衙门京控的，一律不予受理，将人员和诉状送三法司受理，对于京控案件，三法司必须单独处理、单独汇报，不允许混杂在其他案件中想朦胧过关，每月要将各衙门受理的京控案件、处理情况等整理成册上奏内阁，由朱载坖亲自查阅。