在朱载坖的谋划当中，练兵处主要负责对军队的日常训练等事务，还有新组建的各种有关军事的学堂，军器、兵工还有造船等行业，而更加重要的是军务处，这是朱载坖准备重新整顿大明官军指挥系统的开始。
朱载坖认为，大明对土蛮用兵是绝密之事，为了保证军情传递顺利和消息不泄露，朱载坖设立军务处，在武英殿办公，任命内阁辅臣、五军都督府左都督、勋臣中的知兵之臣、兵部、户部、礼部、理藩院、太仆寺等相关衙门的堂官为参赞军务大臣，有关对土蛮用兵的事情，直接在军务处讨论，任命首辅高拱为领班军务大臣兼会办军务处，英国公张溶、萝川侯马芳、顺宁侯俞大猷、哈密伯李成梁为协办军务大臣，负责处理练兵军务处的日常事务。
同时有关土蛮的各种密报、情报、奏疏也不通过通政司奏进，而是直接由五军都督府接受这些奏疏，在直接向朱载坖呈递，避免消息走漏。
而军务处的运行模式也和一般的他们不同，平时由五军都督府的都督们办公值守，负责为内阁、朱载坖提供军务方面的建议，遇有和土蛮有关的事情，就召开军务大臣会议，由会办、协办大臣主持，所有的军务大臣参与，商讨方案之后上奏朱载坖，由朱载坖御批执行即可。
虽然朱载坖说的好听，这是因为要对土蛮大规模用兵，才临时设立的机构，但是汪道昆很清楚，一旦这个练兵军务处成立之后，就不会是一个临时机构了，即便是土蛮的战事结束后，朱载坖也绝不会撤销这个机构的，汪道昆很清楚，朱载坖就是要用这个机构将原本属于兵部和内阁的指挥权全部上收，由这个所谓的练兵军务处负责。
当然朱载坖也深知，还是要安抚一下兵部的，兵部对于后勤、马政还有武官推选的权力仍旧不便，尤其是对于军政的管理，仍旧是兵部的大权，同时对于全国的驿站，兵部也仍旧管理，朝廷还会加大投入，增加驿站和马匹，还有道路的规划兴建，兵部也有权力向工部提出建议。
在朱载坖的规划中，兵部将逐渐变成一个军政机关，主要负责后勤的筹措、武官的任用与考选、马政、军工、军器的管理，兵员的招募与清退、地图的测绘印制等事项，这些事务都将由兵部负责，但是涉及到军令指挥，则与兵部无关，在地方有提督、总兵为前敌指挥员，在朝廷有五军都督府和练兵军务处直接对朱载坖负责，即便是内阁、兵部也无权插手，只能发表建议。
对于朱载坖的这个想法，汪道昆也只能接受，但是安顿好了汪道昆之后，协理京营戎政兵部左侍郎王崇古也上疏认为朱载坖设立练兵军务处的决定不妥，朱载坖当然知道王崇古为什么反对，因为一旦设立练兵军务处之后，就相当于给他这个协理京营戎政上面弄了一个太上皇，这就会使得王崇古很痛苦，归根到底都是为了权力。